痛经最为常见的疾病是一种称为“子宫内膜异位症”的疾病，顾名思义，从它的名字直接来读，大概的解释就是本来应该在子宫内部生长的子宫内膜跑到别的地方去了，本来来月经的时候，子宫内膜剥脱了，是不会有什么疼痛，但是如果子宫内膜跑到别的地方去的时候，在一些异常的位置出血，就会产生疼痛。最常见的位置有卵巢、盆腔腹膜、阴道和直肠之间的组织(阴道直肠隔)，罕见的位置还可能会发生在肠道、输尿管、膀胱，甚至是在腹腔外。
在这些异常位置出血的时候，就会刺激腹膜导致痛经，在卵巢上常见就是形成囊肿，因为在手术的时候取出的子宫内膜异位的囊内液体特别象巧克力，又称之为卵巢巧囊。子宫内膜异位症是一种比较特殊的疾病，在医学上我们有时戏称它为“良性的疾病，恶性的表现”，主要就是因为它治疗非常困难，药物治疗和手术治疗都有很高的复发率，此外它也容易影响生育，造成受孕的不易。目前而言，治疗上主要是要取决于患者的症状、年龄、生育要求。因为子宫内膜异位症导致的痛经，通常情况下需要医生详细地检查和评估了以后才能决定具体的治疗方式。轻症的患者，如果没有囊肿或者囊肿较小，一种简单的治疗方法是服用口服避孕药，这有缓解痛经的作用。
对于子宫内膜异位症的治疗还存在这一所谓“怀孕是子宫内膜异位症最好的治疗”的说法，因为一旦怀孕，如果可以足月妊娠并分娩，体内产生大量的孕激素，那对于子宫内膜异位症这些异位的子宫内膜是有很强的抑制作用，所以很多人在怀孕以后，痛经症状就会得到很大的缓解，甚至短期之内不再出现。当然，足月怀孕的次数越多，子宫内膜异位症也就越不容易加重，相反，早期流产，对于子宫内膜异位症则是有加重的影响，很多人也是在流产了以后出现有痛经的症状。
